Die zunehmende Verfügbarkeit komplexer bildgebender Verfahren erfordert skalierbare und reproduzierbare Softwarelösungen, die in der Lage sind, alle in hochauflösenden, multimodalen Bilddaten enthaltenen Informationen zu nutzen. JIPipe ist eine quelloffene, metadatengetriebene Bildanalyseplattform zur visuellen Erstellung von Analysepipelines ohne Programmierkenntnisse. Das System ist für ein breites Anwendungsspektrum konzipiert und wurde bereits erfolgreich in Studien der Molekular- und Zellbiologie, der Medikamentencharakterisierung und der Materialwissenschaften eingesetzt. Diese Bildanalyseplattform kann auch eine vielseitige Lösung für Imaging Core Facilities bieten, indem es die FAIR-Konformität bei der Erstellung von Arbeitsabläufen fördert.
3D-HyTracer
3D-HyTracer is an image analysis tool for automated tracing of fungal hyphae. It creates a low-memory and easily accessible spatial…
ABM
The agent-based modelling framework is a generalized framework that is able to capture spatio-temporal dynamics of processes in host-pathogen interactions…